Mustekalan ruumis koostuu vaipasta, päästä ja lonkeroista. Vaippa sisältää mm. niiden kolme sinistä verta pumppaavaa sydäntä. Niiden ruumiin ainoa kova osa on papukaijamainen nokka.

Mustekalat ovat arkoja ja syrjäänvetäytyviä. Ne ovat myös älykkäitä ja pystyvät mm. avaamaan purkkeja – kun annetaan tarpeeksi aikaa, jopa lapsilukolla varustettuja. Ne myös tunnistavat hoitajansa ja saattavat kastella vesisuihkulla niitä joskus kaltoin kohdelleen.

Mustekalojen ruumis on melko suojaton, ne ovat voimiltaan heikkoja ja väsyvät nopeasti. Näistä syistä niille on kehittynyt erilaisia suojautumiskeinoja saalistajia vastaan pidentämään mustekalan muutenkin lyhyttä elämää (6 kk - 5 vuotta):

Paetessaan ne ruiskuttavat hämäykseksi musterauhasellaan väripilven, joka vielä sisältää hajuaistin turruttavaa ainetta.

Tämän jälkeen ne voivat joustavan ruumiinsa ansiosta paeta olemattoman pienestä raosta, mistä saalistajat eivät pysty seuraamaan.

Ne pystyvät myös muuttamaan värisolujensa eli kromatoforien avulla sekunneissa värityksensä. Eräät lajit voivat vaikkapa shakkilaudan päällä vaihtaa kuviointinsa valkoisiksi ja mustiksi ruuduiksi.

Lisäksi niiden sylki on myrkyllistä.